大豆肽生产方法主要有酶解法、发酵法，目前作为食品配料的大豆肽主要采用酶解法制备。
酶解法制备大豆肽的过程中在选择好原料以后，需要进行预处理在进行酶解。
底物在酶解前通过物理手段（高温、高压、超声波等）适当变性，释放酶切位点，为后续高效酶解提供基础。
目前国内大豆肽制备的常用预处理工艺为：按照底物量加入适当比例的净化水（纯水、软水等），通过剪切、搅拌等处理以达到分散均匀，并可升温至80-100℃保温5-30min，一方面起到杀菌作用，减少后续长时间酶解反应过程中产生的微生物腐败现象，另一方面适当变性底物，然后冷切至初始酶解温度。
酶解过程中工艺参数主要包括酶的选择、酶用量、酶解方法、酶解温度、pH值、酶解终点判定、灭酶等。
酶的选择对酶解效率、大豆肽的品质（肽段、氨基酸组成、风味等）以及得率至关重要，通常采用多种酶组合以保证酶解效率。
注意使用的酶必须是GB2760规定的食用蛋白酶。
酶解方法包括同步酶解法、分步酶解法、酶膜反应器法。
酶解温度和pH值的选择取决于酶组合中各单酶的适宜作用温度和pH值。